胡岳

教师个人介绍

姓名:胡岳

系部：生物工程学院&基辅学院生物技术系 

办公电话：18866123925

电子邮件：huyue@qlu.edu.cn

通讯地址：山东省济南市长清区大学路3501号齐鲁工业大学

邮政编码：250353

个人简历

研究方向

学术兼职

科研项目

代表性论文

教学工作

荣誉奖励

工作经历

(1) 2015-10 至 今, 齐鲁工业大学（山东省科学院），生物工程学院&基辅学院，生物技术系，讲师

教育背景

(1) 2010-09 至 2015-07, 中国科学技术大学, 生物信息学, 博士

(2) 2006-09 至 2010-07, 曲阜师范大学, 生物科学, 学士

个人简历

研究方向

学术兼职

科研项目

代表性论文

教学工作

荣誉奖励

人工智能的蛋白质设计(人工智能驱动的抗体药物设计、多肽药物设计、酶设计)，蛋白质结构比对(alignment)、对接(docking)、电子密度拟合(mapping)，蛋白质分子动力学模拟，中药网络药理学，高通量测序方法和应用，表观遗传学，体外诊断试剂盒研发等生物信息学、生物制药和生物医学工程等领域。

2026年我们提出的抗体序列设计软件AntibodyDesignBFN，其核心价值在于首度将离散贝叶斯流网络（Discrete Bayesian Flow Networks, BFNs）这一前沿生成式框架成功应用于抗体设计，从而实现了从传统去噪扩散模型（DDPMs）向连续时间参数流生成的范式转移。不同于以往依赖离散破坏或高斯噪声去除的方法，该模型利用 BFNs 完全可微的特性，直接在氨基酸分布的参数空间内进行连续演化，结合轻量级几何 Transformer 和不变量点注意力机制（IPA），精准捕捉抗体复杂的 3D 几何约束与静电特性。这种底层数学机理的革新带来了性能的显著飞跃——在严苛的 2025 年时间分割测试集上，AntibodyDesignBFN 以49.9% 的氨基酸恢复率（AAR）胜行业标杆 ProteinMPNN（44.2%），特别是在关键的 CDR 环区域展现了卓越的重构能力；配合梯度累积等工程化优化，该研究不仅证明了 BFN 在离散生物序列建模上的巨大潜力，更为高保真、低算力成本的治疗性抗体药物开发提供了一条全新的技术路径。参考：AntibodyDesignBFN: High-Fidelity Fixed-Backbone Antibody Design via Discrete Bayesian Flow Networks https://doi.org/10.48550/arXiv.2601.05605

个人简历

研究方向

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科研项目

代表性论文

教学工作

荣誉奖励

现任山东省生物信息学会理事

山东生物医学工程学会理事

济南市青年科技工作者协会委员

济南市长清区第四届青年联合会常务委员

山东省医药生物技术学会生物标记与体外诊断技术专业委员会委员

担任《iMeta》（23.8分，中科院一区top）、《Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences》（中科院二区）、《Oncology Research》、《Phenomics》（中科院二区，金力院士主编）、《Pharmaceutical Science Advances》（岳建民院士主编）、《Exploration》、《Biomedical Engineering Communications》、《Food & Medicine Homology》、《生物医学工程研究》、《河南理工大学学报》、《山东科学》等期刊青年编委

个人简历

研究方向

学术兼职

科研项目

代表性论文

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荣誉奖励

纵向课题

1、主持：山东省自然科学基金委员会博士基金，“中药网络药理学的方法改进拓展及在‘四逆散’研究中的应用”（ZR2016HB54），2016.11 - 2018.11，7万元，结题。 

2、参与：国家自然科学基金委员会青年科学基金项目，“形态转换调控因子Wor1在球孢白僵菌中的生物学功能及其作用机理研究”（31800062），2019.01 - 2021.12, 25万元，结题。 

3、参与：国家自然科学基金委员会青年科学基金项目，“5-HT3R与CB1R协同介导情绪调控脑区GABA释放在PMDD肝气逆郁两证中的作用”（81703941），2018.01 - 2020.12, 20万元，结题。 

4、参与：山东省教育厅高等学校青年创新团队发展计划，“生防真菌新型调控因子的功能解析及应用研究”（2022KJ127），2023.01 - 2025.12，50万元，在研。 

5、参与：山东省科技厅自然科学基金面上项目，“球孢白僵菌Tudor结构域蛋白调控孢子大小及侵染毒力的作用机制研究”（ZR2023MC035），2024.01 - 2026.12，10万元，在研。

技术研发

发明专利：兰文军; 张静; 胡岳；单碱基连续延伸流式靶向测序法, 2022-11-25, 中国, CN201911165464.7. 

个人简历

研究方向

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会议报告

第52期山东省青年科学家沙龙：基于人工智能的抗体设计方法

第三届山东省泰山科技论坛-数智神经外科学术大会 : 靶向AQP4的抗体设计 

第四届山东省泰山科技论坛——脑机接口转化与脑胶质瘤基础与临床研究学术大会：基于贝叶斯流的抗体设计方法

第三届山东省生物信息学大会: 基于人工智能的蛋白质圆突变探测方法

第十一届全国计算生物学与生物信息学学术会议：基于人工智能的蛋白质圆突变探测与抗体设计算法 

期刊论文

（1）Yue Hu, Feng Tao, Jiajie Xu, WenJun Lan, Jing Zhang, Wei Lan, Combining transformer and 3DCNN models to achieve co-design of structures and sequences of antibodies in a diffusional manner,  Journal of Pharmaceutical Analysis, 2025, 101267, ISSN 2095-1779, https://doi.org/10.1016/j.jpha.2025.101267. （共一作者，兰文军教授，张静副教授）

（2）Hu, Y., Huang, B., Zang, C. Z., & Xu, J. J. (2024). Detection of circular permutations by Protein Language Models. Computational and Structural Biotechnology Journal. （共一作者，共同通讯，黄斌教授）

（3）Li CY, Yang P, Zheng J, Zhang J, Liu YQ, Liu XQ, Hu Y, Lan WJ. Establishment of a forward primers-superposed amplification analysis for accurate aspirin pharmacogenomic measurement. Sci Rep. 2024 Jan 9;14(1):880. （共同通讯，兰文军教授）

（4）Zhong-Yin Zhou; Yue Hu; Aimin Li; Ying-Ju Li; Hui Zhao; Si-Qi Wang; Newton O. Otecko;Dejiu Zhang; Jin-Huan Wang; Yajun Liu; David M. Irwin; Yan Qin; Ya-Ping Zhang ; Genome wide analyses uncover allele-specific RNA editing in human and mouse, Nucleic Acids Research, 2018, 17(46): 8888-8897（共一作者，张亚平院士通讯）

（5）Hu, Yue; Hong, Wei; Shi, Yunyu; Liu, Haiyan ; Temperature-Accelerated Sampling and Amplified Collective Motion with Adiabatic Reweighting to Obtain Canonical Distributions and Ensemble Averages., J Chem Theory Comput, 2012, 8(10): 3777-3792 （一作，施蕴渝院士、刘海燕教授）

（6）Hu, Yue; Liu, Haiyan ; Case study on temperature-accelerated molecular dynamics simulation of ligand dissociation: inducer dissociation from the Lac repressor protein., J Phys Chem A, 2014, 118(39): 9272-9279 （一作，刘海燕教授）

主编教材

《生物信息学与人工智能技术》以及配套APP：齐鲁工业大学校院领导的关心和帮助下，本书联合上海交通大学、浙江大学、山东大学、山东第一医科大学附属省立医院、德州学院、云南师范大学等单位专家领导编写。齐鲁工业大学胡岳编写透明人工智能、结构比对、数学物理基础并统筹大纲整理，张静编写分子与医学成像、展望附录并参与整理工作，刘娇编写药物靶点发现，王婧臻编写绪论与前沿大模型，张圣奎编写生物信息基础，李灿协助完成全书的校对与整理；上海交通大学李明辰撰写生物语言模型，钟博子韬撰写 AlphaFold系列的原理及应用，王艳菁编写小分子设计；云南师范大学黄斌编写蛋白质设计，德州学院曹赞霞编写分子模拟与人工智能，浙江大学陶峰编写上机操作基础；山东第一医科大学刘英超编写图像处理与人工智能，陆妙善编写质谱原理与应用，山东大学于婷编写测序与单细胞测序。在编写过程中，各位编者秉持严谨治学的态度，贡献了深厚的专业知识与丰富的教学经验，确保了本书内容的科学性、系统性与前沿性。

上海交通大学、浙江大学、中山大学、中科院计算所、山东省委党校、济南市人民医院、青岛科技大学等单位的相关专家领导对本书在编写中提出了宝贵意见。本书得到了齐鲁工业大学教材建设项目的资助，在此表示诚挚感谢。

参与论文与专利：

（1）Yu Xia; Pengjun Liu; Xiaoquan Liu; Jing Zhang; Xinfeng Tan; Xuli Jia; Yuemei Jin; Tao Liu; Yue Hu ; Complete organellar genomes and molecular phylogeny of Hypnea cervicornis (Gigartinales, Florideophyceae) from China, Journal of Applied Phycology, 2022, 34: 2705-2717

（2）师声; 张静; 胡岳; 刘义庆; 褚福禄; 兰文军 ; 锁核酸和不对称扩增辅助的等位基因多重引物识别KRAS基因突变的研究, 齐鲁工业大学学报, 2022, 36(5): 55-61 (期刊论文)

（3）兰文军; 张静; 胡岳 ; 单碱基连续延伸流式靶向测序法, 2022-11-25, 中国,CN201911165464.7 (专利)

（4）Yang, P., Su, Q., Hu, Y., Zhang, J., & Lan, W. Screening and Validation of Double Allele-specific Binding F-Primers for Measurement of Anti-Hypertension Pharmacogenomics. Frontiers in Medicine, 10, 1269221.

（5）交卷时间与卷面成绩的相关性分析——以生物技术专业《微生物学》双语课程为例，王俊明,胡岳,王婧臻，郝鲁江-《统计与管理》–2021

参与著作章节：

（1）Hu Y, Lan W, Miller D. Next-generation sequencing for MicroRNA expression profile[J]. Bioinformatics in MicroRNA Research, 2017: 169-177. （引用53次）

（2）Hu Y, Lan W, Miller D. Handling high-dimension (high-feature) microrna data[J]. Bioinformatics in MicroRNA Research, 2017: 179-186.

（3）Hu Y, Lan W, Miller D. Exploring MicroRNA:: Target Regulatory Interactions by Computing Technologies[J]. Bioinformatics in MicroRNA Research, 2017: 123-131.

开发的软件和代码：

（1）人工抗体设计软件AlphaPanda： https://github.com/YueHuLab/AlphaPanda

(2) 蛋白质circular permutation挖掘软件plmCP：https://github.com/YueHuLab/plmCP

（3）蛋白质circular permutation数据库： https://github.com/YueHuLab/ Circular-permutation-in-PDB

预印版文章（一作或通讯）：主要基于李群、李代数、最优传输理论、纤维丛理论、平均场微扰、傅立叶变换等数学理论。

预印版文章-蛋白质比对系列:Alignment

(1) Hu, Yue, Zanxia Cao, and Yingchao Liu. "LieOTAlign: A Differentiable Protein Structure Alignment Framework Combining Optimal Transport and Lie Algebra." bioRxiv(2025): 2025-08.

(2) Hu, Yue, Zanxia Cao, and Yingchao Liu. "OT-RMSD: A Generalization of the Root-Mean-Square Deviation for Aligning Unequal-Length Protein Structures." bioRxiv (2025): 2025-09.

(3) Hu, Yue, Zanxia Cao, and Yingchao Liu. "Lie-RMSD: A Gradient-Based Framework for Protein Structural Alignment using Lie Algebra." arXiv preprint arXiv:2508.17010 (2025). 

(4) Hu, Yue, Zanxia Cao, and Yingchao Liu. "UniOTalign: A Global Matching Framework for Protein Alignment via Optimal Transport." arXiv preprint arXiv:2510.06554 (2025).

预印版文章-蛋白质对接:docking

(5) Hu, Yue, Zanxia Cao, and Yingchao Liu. "LieOTDock: A Protein Docking Framework via Lie Group Optimization and Optimal Transport." bioRxiv (2025): 2025-09.

预印版文章-蛋白质电镜拟合系列:fitting

(6) Hu, Yue, Zanxia Cao, and Yingchao Liu. "LieOTMap: A Differentiable Approach to Cryo-EM Fitting via Lie-Theoretic Optimal Transport." bioRxiv (2025): 2025-09.

(7) Hu, Yue, Zanxia Cao, and Yingchao Liu. "LieMap: A Fast and Transparent Gradient-Based Method for Cryo-EM Structure Fitting." bioRxiv (2025): 2025-09.

其他系列

(8) Hu Y, Huang B. Comprehensive Database of Circular Permutations: Systematic Detection and Analysis Using Deep Learning. bioRxiv. 2024:2024-08.

(9)Hu, Yue, Zanxia Cao, and Yingchao Liu. "Dimer-enhanced optimization: A first-order approach to escaping saddle points in neural network training." arXiv preprint arXiv:2507.19968(2025).

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教学工作

荣誉奖励

本科生课程与研究生课程

主讲《生物信息学》、《生物统计学》、《遗传学》等。基辅学院外教助教。

实验室人才培养

热忱欢迎并接收对人工智能、生物信息学、计算生物学等方向感兴趣的本科生到实验室进行实习。

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教学工作

荣誉奖励

中国生物工程学会：第十一届全国计算生物学与生物信息学学术会议 “优秀报告奖”